Анна Сасаки — необщительная девочка, у которой нет друзей. Она живёт у приёмных родителей, страдает от астмы и любит рисовать. В конце концов Анна переезжает в небольшой провинциальный городок погостить у Киёмасы и Сэцу Оива — родственников Ёрико, приёмной матери девочки.
Но всё не так скучно и однообразно, как может показаться на первый взгляд! В городке есть загадочное поместье «Дом на отмели», которое постоянно привлекает внимание Анны. Вскоре героиня встречает Марни, живущую в этом прекрасном доме. Девочки быстро становятся подругами, но однажды Марни исчезает, а в дом въезжают новые владельцы — семья Саяки. И тогда Анна начинает узнавать о своей подруге кое-что новое и странное.