Прошло ещё сто лет с момента окончания событий «Харуканару Токи но Нака дэ 2» (то есть двести лет с момента выхода оригинального аниме). Впрочем, в прошлом, откуда мы начинаем рассказ, минуло совсем немного времени по сравнению с будущим. Однажды Касуга Нодзоми Касуга встречает в своей школе странного юношу, который переносит её сквозь время и пространство в мир Кё — место, до мельчайших деталей напоминающее Киото на закате эпохи Хэйан. Там клан Минамото («Гэндзи») во главе с Ёсицунэ Минамото-но Куро Ёритомо ведёт войну с кланом Тайра («Хэйкэ») под предводительством Тайра-но Киёмори. Хэйкэ надеются одержать победу над Гэндзи, выпустив на волю мстительных духов, способных нарушить естественный поток энергии земли и посеять ужас по всей стране.Оказывается, что юноша — это человеческое воплощение Хакурю, Белого Дракона-бога, хранителя Кё, чьи силы истощены присутствием злобных духов. Став Хакурю но Мико — жрицей Белого Дракона-бога, — Нодзоми вступает в союз с Гэндзи, ведь Хакурю не сможет отправить её домой, пока не восстановит свою мощь...