Действие аниме-сериала разворачивается за десять лет до событий, показанных в «Судьба/Ночь схватки».
Война за Святой Грааль — борьба между семью магами за обладание силой, что «сотворит чудо»: исполнит любое желание владельца. Поединки проходят посредством призыва героических духов. Сражение трижды не было окончено, и эта история описывает события Четвертой войны.
Объединив свою волю к победе, маги выдвинулись в зону боя — город Фуюки. Но среди них был тот, кто шел по жизни в одиночку и не мог найти для себя смысл в этих битвах. Имя ему — Кирэй Котоминэ. Не в силах понять и принять такое предрешение судьбы, он чувствовал себя опустошенным и продолжал поиски.
В то же время члены одной из семей-основателей, Айнцберн, после трех неудачных попыток завладеть Граалем полны решимости заполучить его любой ценой, а потому выбирают в свои ряды Кирицугу Эмию — всем ненавистного мага с репутацией умелого, но корыстного и безжалостного наемника-мерзавца. Эмия, некогда желавший стать героем, который может всех спасти, давно уже отказался от своего идеала, осознав, что спасение одного всегда происходит за счет жизни другого. Тогда он решил, что ради человечества станет «огнем и мечом» этого мира, уничтожая всех и вся, что будут ему угрожать. Ему приходится разрываться между любовью к жене и дочери и данным им обещанием заполучить Грааль.
Столкновение неизбежно...