«Существует два способа жить в этом мире: жить так, будто чудес не бывает... или так, словно они нас окружают». Так и научно-фантастическая история «Токийские эсперы» развернулась вокруг Ринки — девушки из бедной семьи, живущей только со своим безработным отцом в Токио и не верящей в чудеса.
Возвращаясь как-то раз домой, она замечает летающего пингвина. Но им одним странности не ограничились... На следующий день Ринка обнаруживает, что может проходить сквозь твёрдые предметы.
Кто бы мог подумать, что это событие скажется не только на жизни Ринки, но и на других?