События 11-ого фильма происходят в Тихом океане на острове Коми. Из поколения в поколение на этом острове передается легенда о «Подводном дворце» — древних руинах на морском дне, где были спрятаны сокровища двух женщин-пиратов: Энн Бонни и Мэри Рид (которые действительно существовали 300 лет тому назад).
Во время отпуска на острове Коми Когоро, Конан, Ран и «Команда юных детективов» встречают охотников за сокровищами. Очень скоро Конан и его друзья оказываются втянуты в череду преступлений и поиски спрятанных сокровищ.