В 22 веке человечество подверглось внезапному нападению из космоса юпитерианских ящеров.
И вот, год спустя, Акито, чудом переживший их нападение на земную колонию на Марсе и совершенно не имеющий понятия, как после оказался на Земле, подрабатывает поваром и безуспешно пытается разобраться в случившемся. Но все меняет случайная встреча с подругой детства Юрикой, которая в свою очередь оказывается капитаном новейшего корабля «Надэсико», построенного частной компанией «Нергал» с целью найти выход из сложившегося конфликта. Следуя за ней, Акито, в надежде найти ответы на свои вопросы, сам в итоге становится частью экипажа, состоящего сплошь из таких же чудиков, как и Юрика.
Прорываясь с боем, «Надэсико» начинает свой долгий полет к Марсу. А там, кто знает, возможно откроется и тайна смерти родителей Акито.