Сюжет данного фильма происходит после событий сериала «Карточные бои Авангарда: Товарищество легиона».Карточная игра, покорившая многих игроков по всему миру, в том числе Айти Сэндо и Тосики Кая, уже стала частью повседневной жизни. Но рутину героев нарушает Такуто Тацунаги, объявивший турнир по приглашениям, на который он собирает сильнейших игроков «Авангарда» всего мира, в том числе и Айти с Тосики. Организовывает Такуто этот турнир с целью спасти мир от разрушения. Главным призом турнира является карта «Гармоничного Мессии».
В это же время по миру прокатывается череда исчезновений воинов с картами «Авангарда», и человек, стоящий за этим, известен... Это — Кодзи Ибуки! Смогут ли Айти и Тосики спасти мир от разрушения и победить Кодзи?