Столетие назад могущественное существо по имени Хупа, способное в одиночку одолеть даже легендарных покемонов, было заключено в бутылку одиноким странником. Бутылку спрятали в глубокой пещере посреди пустыни в надежде, что скрытая в ней тьма никогда больше не увидит свет.Спустя годы юноша находит бутылку и снимает наложенное на неё проклятие, освобождая заточённую внутри силу. Она обретает облик тени Хупы и, воспользовавшись вновь обретённой мощью, разбивает бутылку, чтобы никто и никогда больше не смог заточить её вновь. Вырвавшись на свободу, тень принимается крушить всё вокруг и нападает на настоящую Хупу, а оба покемона призывают на подмогу других легендарных существ, чтобы одолеть друг друга. Сатоши — начинающий тренер покемонов из региона Канто — вместе с друзьями оказывается в самом центре этой битвы, и теперь им предстоит остановить разбушевавшихся покемонов, иначе миру грозит поистине катастрофическое столкновение легенд.