Прямое продолжение аниме-сериала «Югио! Дуэльные монстры».С момента битвы против Фараона прошло уже полгода. Юги Муто и его друзья перешли в третий класс старшей школы, и они думают над тем, чем будут заниматься в будущем. В это время Сэто Кайба не бросает попытки вернуть душу Фараона, попутно заново собирая «Головоломку тысячелетия», но ему мешает загадочный человек по имени Аигами. Также Сэто работает над новой системой виртуальных дуэлей, способной перевернуть всю индустрию «Дуэльных монстров».