В 2201 году, спустя год после того, как «Ямато» спас Землю от радиоактивного заражения, на горизонте появляется новая угроза. «Ямато» отправляется в свой последний поход, чтобы вновь уберечь родную планету от беды.Земля почти оправилась от последствий войны с Гамилас, и восстановительные работы уже развернулись на других планетах. Но однажды бывшие члены экипажа «Ямато» перехватывают странное, искажённое сообщение, исходящее от белой кометы, стремительно приближающейся к Земле. Не раздумывая, они угоняют свой старый космический линкор и вступают в новую битву.