В будущем, не столь отдалённом, человечество развилось до такого уровня, когда стало возможным полностью заменить биологическое тело на механические трансплантаты. Это позволило достичь невиданного совершенства как в физической, так и в кибернетической сферах, а также стёрло границу между этими двумя мирами. Однако преступность тоже может использовать подобные технологии в полную силу, совершая новые и часто очень опасные виды преступлений. В качестве реакции на подобные прогрессивные методы правительство Японии учредило «Девятый отдел», независимую полицейскую группу, назначение которой — разбираться с наиболее резонансными делами подобного толка.
«Девятый отдел», находясь под руководством Дайсукэ Арамаки и Мотоко Кусанаги, имеет дело с преступлениями самого различного социального спектра и обычно достигает успеха. Однако столкнувшись с новым хакером уровня А, известного под прозвищем Смеющийся человек, команда вовлекается в опасную игру в кошки-мышки, идя по его следу, теряющемуся где-то в Японии.