Однажды ночью на Токийский национальный институт микроорганизмов совершает нападение таинственная организация, называющая себя «Красные сиамские кошки». Преступники устраивают взрыв в засекреченной лаборатории, где хранился вирус — по слухам, со смертностью в 80% и без известного лекарства. Этот акт террора занимает первые полосы газет, затмевая презентацию крупнейшего в мире дирижабля, разработанного под руководством Джирокичи Сузуки. Странным образом к приглашению на презентацию прилагается записка для Кайто Куроба «Кайто Кида» Курoбы с вызовом — украсть выставленную драгоценность, знаменитую «Леди Скай».Конану Эдогаве разрешают подняться на борт дирижабля вместе с Когоро Мори, Ран Мори, Соноко Сузуки, профессором Агасой и Детективным клубом юниоров. Однако веселье прерывается, когда неизвестный звонящий связывается с Джирокичи и заявляет, что выпустил некий вирус в курительной комнате. Вскоре у пассажиров начинают проявляться симптомы, и на борту воцаряется хаос. Воспользовавшись моментом, внезапно появляются «Красные сиамские кошки» и захватывают дирижабль!Чтобы остановить преступников, Конану и Кайто Киду вместе с союзниками предстоит разгадать все улики и выяснить истинную цель «Красных Террористка «Красных сиамских котов» кошек», пока не истекло время.