Наруто, Шикамару и Сакура выполняют миссию по поимке потерянного домашнего животного и доставки его в определённую деревню. Но во время миссии на команду нападают неизвестные ниндзя под командованием таинственного Тэмуджина. Во время битвы Наруто отделяется от остальной команды, и теперь вынужден искать их. В этих поисках он узнаёт о странной силе, не имеющей ничего общего с чакрой, и о могущественной исчезнувшей цивилизации. После того, как друзья встречаются вновь, им приходится начать борьбу за спасение всего мира!