После Второго удара всё, что остаётся от Японии — это город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских существ, стремящихся уничтожить человечество, называемых Ангелами.
Синдзи Икари, до этого не видевшийся с отцом три года, получает от него телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штаб-квартиру Nerv, организации, противостоящей Ангелам. Для борьбы с Ангелами.Nerv используют гигантских роботов, называемых Евангелионами.
Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01 и работа в команде с пилотом Евы-00 Рей Аянами.