Старшеклассник Рэн Амамия становится свидетелем домогательства. Недолго думая Рэн бросается на мужчину, который нагло прижимает к стене красивую девушку, несмотря на её громкие протесты. И хотя исход драки завершился в пользу Рэна, ему не повезло — нападавший оказался влиятельным политиком. Из-за этого факта, а также из-за того, что спасённая им девушка отказалась давать показания, главного героя судят за хулиганство и в качестве меры наказания назначают испытательный срок на один год. После этого ему приходится переехать в Токио и поступить в новую школу.
В столице Рэн ютится на чердаке в кафе «Леблан», хозяином которого является старый друг его родителей, согласившийся на время поселить у себя парня. Уже в первый день в новом городе Рэн обнаруживает у себя на смартфоне загадочное приложение. А по дороге в новую школу юноша знакомится со своим одноклассником Рюдзи Сакамото, причём при весьма странных обстоятельствах: Рэн и Рюдзи попадают в удивительный альтернативный мир — «Чертог», где их пытается убить странный человек, похожий на местного учителя физкультуры, а Рэн пробуждает в себе нечто под названием Персона. Сумев сбежать из «Чертога» и снова оказавшись в реальном Токио, друзья решают разобраться в происходящем и воздать учителю физкультуры по заслугам.